Perihal organisasi pemerintahan desa diatur lebih jelas dengan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 84 Tahun 2015 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Pemerintahan Desa. Mengacu pada peraturan ini, susunan organisasi pemerintah desa terdiri dari kepala desa dibantu perangkat desa sebagai unsur penyelenggara pemerintahan desa. Perangkat desa diangkat oleh kepala desa setelah dikonsultasikan dengan camat atas nama bupati/walikota. Dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya, perangkat desa bertanggung jawab kepada kepala desa.
Sebagai unsur pembantu kepala desa, perangkat desa terdiri atas
- Sekretariat desa, Sekretariat desa dipimpin oleh sekretaris desa dan dibantu staf sekretariat. Sekretariat desa paling banyak terdiri atas tiga urusan, yaitu urusan tata usaha dan umum, urusan keuangan, serta urusan perencanaan, dan paling sedikit dua urusan, yakni urusan umum dan perencanaan, serta urusan keuangan. Masing-masing urusan dipimpin oleh kepala urusan (Kaur)
- Pelaksana kewilayahan,yaitu pelaksana kewilayahan dilaksanakan oleh kepala dusun. Tugasnya meliputi penyelenggaraan pemerintahan desa, pelaksanaan pembangunan desa, serta pembinaan dan pemberdayaan masyarakat desa. Jumlah kepala dusun ditentukan secara proporsional berdasarkan kemampuan keuangan desa dan memperhatikan luas wilayah kerja, karakteristik, geografis, jumlah kepadatan penduduk, serta sarana prasarana penunjang tugas
- Pelaksana teknis, yang merupakan pelaksana tugas operasional. Pelaksana teknis paling banyak terdiri dari tiga seksi, yaitu seksi pemerintahan, seksi kesejahteraan dan seksi pelayanan, dan paling sedikit dua seksi yaitu seksi pemerintahan, serta seksi kesejahteraan dan pelayanan.
